しかし1953(昭和28)年に、輸入税の免税制度が廃止されると、保税工場制度は再び意味を持つようになった。

指定を受けた工場は、1956(昭和31)年には77工場、1963(昭和38)年には165工場と急速に増加した。

ところで、1901(明治34)年に制定された関税定率法のなかに、承認工場制度というものがあった。

関税長の承認を受けた承認工場では、国内産業の育成や、国民生活の安定などを目的として、特定品を製造するために輸入される特定原料品の関税が減免される、というのがこの制度である。

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